Βάζουμε το νερό να βράσει σε μια κατσαρόλα με μια κουταλιά της σούπας αλάτι και ψήνουμε τις ταλιατέλες. 
Ψιλοκόβουμε το κρεμμύδι, το θυμάρι  και  τα ντοματίνια και τα σοτάρουμε με ελαιόλαδο σε ένα τηγάνι. 

Σε ένα μπλέντερ βάζουμε όλα τα υλικά για το pesto εκτός από την παρμεζάνα και πολτοποιούμε καλά. Στο τέλος προσθέτουμε την παρμεζάνα και ξαναχτυπάμε καλά για να δέσουμε το pesto.
Κόβουμε το καλαμάρι σε ταλιατέλες και το ρίχνουμε στο τηγάνι με το κρεμμύδι και τα ντοματίνια.  

Σουρώνουμε τις ταλιατέλες από το νερό και τις βάζουμε στο τηγάνι με τα υπόλοιπα υλικά. 
Για το τελείωμα βάζουμε στο τηγάνι με τα μακαρόνια το pestο και το ξύσμα από το μοσχολέμονο.