Πλένουμε τις μελιτζάνες, κόβουμε τις άκρες και το κάτω μέρος και τις κόβουμε σε κύκλους ½ εκ. Τις τοποθετούμε πάνω σε χαρτοπετσέτες, αλατίζουμε και τις αφήνουμε για 20 λεπτά.
Προθερμαίνουμε το φούρνο στους 220C. Σκουπίζουμε τις μελιτζάνες για να απομακρύνουμε ότι νερό απέμεινε από τις μελιτζάνες και τις τοποθετούμε σε ταψί φούρνο πάνω σε λαδόκολλα. Πασπαλίζουμε ρίγανη από πάνω και ψήνουμε για 25-30, γυρνώντας τα στα 15 λεπτά. Εναλλακτικά μπορούμε να τα ψήσουμε στη σχάρα.
Ταυτόχρονα, ετοιμάζουμε τη σάλτσα ντομάτας. Βάζουμε τις ντομάτες στο μπλέντερ για να φτιάξουμε πουρέ. Σε ένα κατσαρολάκι, ζεσταίνουμε το ελαιόλαδο σε μέτρια φωτιά και τηγανίζουμε το κρεμμύδι μέχρι να μαλακώσει. Προσθέτουμε το νερό, ντομάτες, τα μπαχαρικά, αλάτι και πιπέρι. Ανακατεύουμε, μειώνουμε τη φωτιά και αφήνουμε τη σάλτσα να σιγοβράσει για 20 λεπτά ή μέχρι να αρχίσει να πήξει. Την αφήνουμε να κρυώσει για 10 λεπτά.
Ετοιμάζουμε τις μίνι πίτσες. Απλώνουμε 1-2 κουταλιές σάλτσα ντομάτας πάνω σε κάθε μελιτζάνα. Προσθέτουμε τις ελιές, τη φέτα και τις φέτες πιπεριού. Πασπαλίζουμε με την τριμμένη μοτσαρέλα και προσθέτουμε τελευταίες τις φέτες φρέσκιας μοτσαρέλας.
Ψήνουμε στους 200C για 15 λεπτά.